2 листопада 1708 року сталася Батуринська трагедія, коли під час каральної операції російські війська під командуванням Олександра Меншикова зруйнували гетьманську столицю і по-звірському вбили практично усіх її мешканців.
Незабаром після з’єднання з Карлом ХІІ, Іван Мазепа залишив для оборони гетьманської столиці Батурина близько 8000 війська, очолюваного полковником Чечелем та гарматним осавулом Кенігсеком. У Батурині залишилось 4 сердюцькі полки – разом 3 тис чоловік. Їм було наказано боронити столицю від росіян і триматися там до повернення гетьмана з шведським військом.
Дізнавшись про вчинок Мазепи, цар наказує головнокомандувачу російськими військами в Україні Меншикову зрівняти Батурин із землею: “Батурін другім в прімєр сжєчь вєсь».
Вранці 1 листопада розпочалися бойові дії. Оборонці Батурина почали стріляти з гармат і запалили навколо міста рів. На пропозицію здатись батуринці відповіли: «Ми тут загинемо, а росіян в місто не пустимо».
Батурин, добре укріплена фортеця з належним запасом провізії і боєприпасів, міг витримати і багатомісячну облогу. Тому Меншиков із військом не змогли одразу виконати наказ царя, що й довів перший день боїв, коли підступи до батуринських мурів та фортечні рови густо всіялися трупами петровських вояків від гарматного і рушничного вогню оборонців. Кілька разів Меншиков кидав свої війська на штурм козацької твердині, але влучний гарматно-рушничний вогонь разив ряди атакуючих.
Тоді Меншиков вдався до погроз: «Якщо не здастеся, сувора кара ляже на ваші сім’ї». Ці погрози не злякали оборонців. Та все ж знайшовся зрадник – сотник Іван Ніс вказав осадникам на потаємні ходи під великими укріпленими стінами Батурина, які вели всередину міста.
Через ці ходи московські війська вдерлися всередину міста. Почалася жорстока різанина. Солдати Меншикова не жаліли нікого: ні дітей, ні жінок, ні старих людей. Палали розграбовані вщент гетьманський палац, церкви, житлові будинки. За оцінками сучасних істориків, у Батурині загинуло близько 10 000 мирних мешканців.
Подробиці Батуринської трагедії неможливо читати без сліз. Опис катувань, якими мордували українців, змушують задуматися над поняттям «братства» наших народів.
Ця трагедія сколихнула Європу. Ось що написала одна тогочасна паризька газета: «Україна залита кров’ю, зруйнована грабежами і всюди уявляє собою страшну картину варварства переможців». Інші ж газети описували цю подію так: «Страшна різня», «Руїна України», «Жінки й діти на вістрях шабель».
Трагічне ставлення до цієї страшної події було у європейських дипломатів, які побували у Московському царстві. Англійський посол Чарльз Вітворт інформував із Москви про втрати мирного населення в Батурині: «Зарізано жорстоко шість тисяч чоловік без огляду на вік і стать».
Лорд Ч. Уайтворт, виконавши посольську місію, опублікував у Лондоні у 1710 році «Звіт про Росію», у якому прямо вказав, що «місто Батурин негайно було взято і спалено, і понад сім тисяч чоловік було вбито незалежно від віку й статі».